Periodo
Entidad obligada
Fuente normativa
Día 1 a 2
Empleador
Artículo 1º del Decreto 2943 del 2013
Día 3 a 180
EPS
Artículo 1º del Decreto 2943 del 2013
Día 181 hasta un plazo de 540 días
Fondo de pensiones
Artículo 52 de la Ley 962 del 2005
Día 540 en adelante
EPS
Artículo 67 de la Ley 1753 del 2015

En síntesis, la jurisprudencia de la Corte Constitucional en relación con este tema ha determinado que el origen de la incapacidad determina la hoja de ruta para establecer con claridad cuál es la entidad, bien sea que pertenezca al Sistema General de Seguridad Social en Salud o al Sistema General de Riesgos Laborales, que tiene la obligación de pagar las incapacidades, en concordancia con las diferentes reglas temporales que operan en los casos de enfermedades de origen común (M. P. José Antonio Cepeda).

Corte Constitucional, Sentencia T-200, 03/04/17
https://www.ambitojuridico.com/bancoconocimiento/laboral-y-seguridad-social/pago-de-incapacidades-superiores-a-540-dias-deben-ser-asumidas-por-las-eps